Lễ nghi kết thúc giai đoạn điều tra cấp giáo phận diễn ra thứ sáu 05 tháng 07, tại Dinh Latêran, toà giám mục của giáo phận Roma. Ngoài ra, còn có những sinh hoạt đặc biệt được tổ chức trong thời gian ba ngày, và kết thúc với buổi tiếp kiến của ĐTC Phanxicô dành cho các tham dự viên.
Cuộc đời của ĐHY Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Thuận đã trãi qua thời chiến tranh với nhiều biến cố đau buồn và thử thách của dân tộc và đất nước, như những xáo trộn thời tổng thống Ngô Đình Diệm, việc hạ sát những người Cậu ruột, thời gian dài 13 năm bị “chỉ định cư trú” trong đó có 09 năm bị biệt giam khắc nghiệt, và cuối cùng cuộc sống lưu đài tại Roma. Trong thời gian bị giam này, dùng những tờ lịch cũ hoặc những mẩu giấy vụn, ĐHY viết ra những suy niệm, chia sẻ những trải nghiệm thiêng liêng của ngài tập trung về niềm hy vọng kitô trong mọi chiều kích phong phú của nó. Con đường tu đức của ngài được phổ biến trong và ngoài nước qua tập sách “Đường Hy Vọng”.
Cuộc sống 13 năm bị giam giữ của ĐHY Phanxicô Xaviê kết thúc ngày 21 tháng 11 năm 1988 ( 1975-1988), nhưng sau đó lại bắt đầu cuộc sống tha hương vào tháng 09 năm 1991, khi nhà cầm quyền Việt Nam cho phép ngài sang Roma mà không cho ngài trở lại Việt Nam. Năm 1994, Đức Gioan Phaolô II bổ nhiệm ngài vào chức vụ Phó Chủ Tịch Hội Đồng Toà Thánh Công Lý và Hoà Bình; bốn năm sau, tức vào năm 1998, ngài được thăng giữ chức vụ Chủ Tịch. Mùa Chay Năm thánh 2000, ngài được chọn giảng phòng cho ĐTC và giáo triều Roma. Kinh nghiệm thiêng liêng sống niềm hy vọng kitô giữa những thử thách như thế được chính ĐHY đích thân giải thích tại trung tâm Giáo Hội toàn cầu, cho những vị có thẩm quyền cao nhất. Năm 2001, Ngài được phong tước Hồng Y. Chỉ hơn một năm sau, ngày 16 tháng 09 năm 2002, ĐHY qua đời vì chứng bệnh ung thư hoạ hiếm, hưởng thọ 74 tuổi. Chính Đức Gioan Phaolô II đã chủ sự thánh lễ an táng cho ngài tại Đền Thờ Thánh Phêrô.
ĐHY Peter Kodwo Appiah Turkson, đương nhiệm chủ tịch Hội Đồng Toà Thánh Công Lý và Hoà Bình, cho biết lễ kết thúc giai đoạn điều tra cấp giáo phận quy tựu về Roma khoảng 500 người Việt Nam, gồm những bạn hữu, thân nhân, và đồng nghiệp với ĐHY. Bà Waldery Hilgerman, cáo thỉnh viên của vụ án, trong cuộc họp báo tại Roma hôm thứ ba mùng 02 tháng 07, đã cho biết đã thu nhận được nhiều chứng tá về phép lạ do lời bầu cử của ĐHY Phanxicô Xaviê. Bà nói : “Giờ đây, chúng tôi có nhiều thời giờ hơn để làm việc với các bác sĩ và những chuyên viên thần học của Bộ Phong Thánh, để phân định xem những sự việc lạ được ghi nhận có thực sự là những phép lạ hay không.” Bà cũng cho biết trong hai năm làm việc vừa qua, nhóm của bà đã thu thập được hơn 10,000 trang tài liệu và những bài viết của ĐHY chưa từng được xuất bản. Ủy ban cũng đã lắng nghe khoảng 12 nhân chứng đích thân biết ĐHY, để xác định tính cách “anh hùng” các nhân đức nơi ĐHY. Tưởng cũng nên nhắc lại nơi đây rằng vào tháng 03 năm 2012, phái đoàn điều tra từ Roma đã được chiếu khán đến Việt Nam, nhưng vào giờ chót phải huỷ bỏ chuyến đi vì Nhà Nước Việt Nam rút lại chiếu khán. Dù vậy, Ủy Ban đã nhận được 26 tường thuật bằng văn bản từ những nhân chứng sinh sống tại Việt Nam.
Trọn cả hồ sơ thu thập giờ đây được chuyển lên Bộ Phong Thánh để thẩm định và sau đó để các thành viên của Bộ bỏ phiếu trước khi trình lên ĐTC. Một khi “các nhân đức anh hùng” được nhìn nhận, thì việc phong chân phước có thể được chấp thuận, nếu có một phép lạ được nhìn nhận do lời bầu cử của ĐHY.
Hiện nay, hài cốt của ĐHY đã được đưa về cải táng tại Nhà Thờ Santa Maria della Scala, là Nhà Thờ Hiệu Toà của ĐHY khi được lãnh tước Hồng Y, để khách hành hương có thể dễ dàng đến kính viếng. (Apic 03 July, zenith 03.07.2013, Đặng Thế Dũng)